Vom 12./13. bis zum 20. Jahrhundert diente die Freiberger Mulde als Wasserkraftquelle für die metallurgischen Komplexe Muldenhütten und Halsbrücke sowie für die in der Nähe des Flusses liegenden Bergwerke, insbesondere im Bergbaugebiet Gersdorf. Zu diesem Zweck wurden Ende des 18. Jahrhunderts in Muldenhütten und bei Gersdorf Dämme errichtet. Mehrere Entwässerungsstolln der angrenzenden Bergbaugebiete mündeten ebenfalls in die Mulde. Sie diente auch als Transportweg für das Holz aus den oberen Teilen des Erzgebirges zu den Gruben und Hütten im Freiberger Revier (für die Holzkohleproduktion) und als Transportweg für das Erz aus den Gruben im Freiberger Nordrevier zu den Hütten in Halsbrücke.